Specyfiką tych chorób jest ich podłoże, które wiąże się z tym, że układ odpornościowy chorego jest odpowiedzialny za ich powstawanie. Polega to na tym, że organizm w wyniku błędnego rozpoznania własnych komórek i tkanek atakuje je i niszczy. Przyczyną chorób autoimmunologicznych (autoimmunizacyjnych) jest przekazanie limfocytom, komórkom układu odpornościowego odpowiedzialnym za walkę z zagrożeniami dla poprawnego funkcjonowania organizmu, omyłkowych informacji w narządach je produkujących. Z tego powodu zostają one wysłane do walki przeciwko własnym strukturom organizmu.
Zaliczyć do nich można np. choroby układów tkanki łącznej takie jak toczeń, reumatoidalne lub łuszczycowe zapalenie stawów czy twardzina, choroby tarczycy: choroba Hashimoto czy Gravesa-Bashidowa, choroby neurologiczne: miastenia czy stwardnienie rozsiane, choroby skóry: bielactwo nabyte i łuszczyca, oraz sarkoidozę.
Problemem większości chorób autoagresyjnych jest ich nieuleczalność albo bardzo trudne i długotrwałe leczenie wiążące się z bólem oraz wysokimi kosztami. Większość terapii pozwala jedynie na zaleczenie symptomów za pomocą środków farmakologicznych lub na złagodzenie niektórych najbardziej uciążliwych objawów. Schorzenia te wiążą się także z kłopotami w rozpoznaniu i postawieniu odpowiedniej diagnozy. Pacjenci bardzo często skarżą się na nawet wieloletnie poszukiwania specjalisty, który powie im jednoznacznie i kategorycznie na co faktycznie cierpią, a to dopiero oznacza dla nich początek walki chorobą.